他們的這項(xiàng)工作,產(chǎn)生了第一個(gè)小麥單體型圖譜,詳細(xì)描述了全球范圍內(nèi)的小麥樣品系遺傳差異。在遺傳學(xué)中,單體型圖譜是將序列水平變異轉(zhuǎn)化為多個(gè)基因圖譜的一種強(qiáng)有力工具。延伸閱讀:《Plant Journal》:提高小麥產(chǎn)量的一種捷徑。
該項(xiàng)目負(fù)責(zé)人、植物病理學(xué)副教授Eduard Akhunov 博士說:“所有這些新的、基因組為基礎(chǔ)的育種策略,都有望顯著加快育種周期,并縮短未來小麥品種的釋放時(shí)間。”
植物科學(xué)家經(jīng)常研究一個(gè)生物體的基因構(gòu)成,以培育具有特異性、優(yōu)良性狀的新品種,如抗旱、抗蟲害或抗病性。Akhunov說,單體型圖譜給科學(xué)家提供了豐富遺傳變異數(shù)據(jù)的訪問性,這些數(shù)據(jù)可提高小麥基因組中基因定位的精度,提高科學(xué)家們?cè)谟N試驗(yàn)中選擇最佳品系的能力。
Akhunov的研究助理Katherine Jordan和Shichen Wang是這項(xiàng)研究的第一作者,相關(guān)研究結(jié)果以“A haplotype map of allohexaploid wheat reveals distinct patterns of selection on homoeologous genomes”為題,即將發(fā)表在國際生物學(xué)權(quán)威期刊《Genome Biology》。該項(xiàng)目通過國際小麥基因組測序聯(lián)盟協(xié)調(diào),包括加拿大、澳大利亞、英國和美國的研究機(jī)構(gòu)。大部分工作是在堪薩斯州立大學(xué)綜合基因組設(shè)施完成。
這項(xiàng)研究的樣本包括來自世界各地的62個(gè)小麥品系,它們有的是現(xiàn)代品種,有的是之前通過正規(guī)育種技術(shù)沒有得以改良的品種,稱為地方品種。
為了減少小麥基因組的復(fù)雜性,該研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種工具,稱為“外顯子捕獲實(shí)驗(yàn)”,只對(duì)較大小麥基因組的功能區(qū)域進(jìn)行靶向測序。根據(jù)Akhunov介紹,這種技術(shù)繞過了基因組中那些重復(fù)的部分。
科學(xué)家們?cè)谛←溒废当舜瞬煌幕蚪M區(qū)域發(fā)現(xiàn)了160萬個(gè)位點(diǎn)——稱為單核苷酸多態(tài)性(SNP)。研究小組使用此信息來描述這些差異對(duì)成千上萬個(gè)小麥基因功能的影響。
Akhunov 說:“一旦控制農(nóng)藝性狀的基因被鑒定,它們就可用于改善小麥品種,不僅使用傳統(tǒng)的育種方法,而且也使用基于生物技術(shù)和分子生物學(xué)的新策略。”